Tại đây hình thành ba vực sâu đến 35m, với lượng thủy sản phong phú. Trên sông hiện có 53 loài thủy sản nước ngọt quý hiếm có giá trị kinh tế cao từ thượng nguồn sông Mekong theo con nước vào nội địa như cá bông lau (Pangasius krempfi), cá sửu (Boesemania microlepis), cá cóc (Cyclocheilichthys enoplos), cá chẽm (Lates calcarifer), cá dứa (Pangasius polyuranodon), cá lăng (Mystus nemurus), cá trà sóc (Probarbus jullieni) và đặc biệt là cá hô (Cyprinus carpio) được xem là loài cá  nằm trong Sách Đỏ Việt Nam…
Sông Vàm Nao là nơi mưu sinh của nhiều hộ dân ở các huyện Phú Tân và Châu Phú và được xem là ngư trường khai thác quan trọng nhất vùng. Tuy nhiên, do ngư dân sử dụng các loại hình thức khai thác tận diệt nên nguồn lợi thiên nhiên trên sông ngày càng giảm.
Từ năm 2007, tỉnh đã triển khai mô hình "Đồng quản lý khai thác thủy sản vùng sông Vàm Nao" do Chương trình nghề cá sông Mekong (MRC) hỗ trợ về kỹ thuật, tập huấn về bảo vệ nguồn lợi thủy sản, các quy định bảo vệ và khai thác cho ngư dân nhằm giảm áp lực khai thác và sử dụng các loại ngư cụ thân thiện với môi trường không mang tính hủy diệt. Tuy nhiên, việc quản lý nguồn lợi thủy sản rất phức tạp, ý thức chấp hành của người dân chưa cao, địa phương chưa được trao quyền để bảo vệ dẫn đến sản lượng nguồn thủy sản giảm dần.
Để bảo tồn nguồn thủy sản tự nhiên quý hiếm, tỉnh An Giang thực hiện chủ trương "góp cá cho sông," tổ chức phát động “Thả cá bản địa, quý hiếm về thiên nhiên;” qua đó đã thả trên 3,7 tấn cá thịt và hàng trăm ngàn cá giống, cá bột các loại trong đó có 1.000 con cá hô giống ra sông Vàm Nao vào cuối tháng Tư vừa qua, nhằm bổ sung và đa dạng hóa thành phần giống thủy sản.
Theo TTXVN