Theo đó, đối với tàu thuyền đánh cá có công suất từ 6 – 200 CV trở lên mức thu có mức thu tương ứng từ 5.000 – 50.000 đồng/ra, vào cảng. Tàu thuyền vận tải có trọng tải dưới 5 – 100 tấn trở lên, mức thu từ 10.000 – 80.000/ra, vào cảng. Đối với hàng hóa qua cảng có mức thu 10.000 đồng/tấn (hàng thủy, hải sản, động vật sống) và 4.000 đồng/tấn đối với các loại hàng hóa khác. Các phương tiện vận tải khi ra, vào cảng cũng có mức thu phí từ 1.000 – 25.000 đồng/lần tùy theo trọng tải của phương tiện.

UBND tỉnh Quảng Ngãi cũng quy định giảm phí sử dụng cảng cá và khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá đối với phương tiện có nhu cầu sử dụng cảng và khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá, nộp phí theo tháng, quý, năm so với mức thu theo từng lần vào, ra cảng, cụ thể: Nộp phí theo tháng (vào đầu tháng) được giảm 5% so với mức thu theo từng lần vào, ra cảng; nộp phí theo quý (vào đầu quý) được giảm 10%; nộp phí theo năm (nộp vào đầu năm) được giảm 15%.

Các đơn vị làm nhiệm vụ công vụ như: Biên phòng, Quân đội, Công an, cơ quan bảo vệ nguồn lợi thủy sản, cứu hộ, cứu nạn; tàu cá và các loại tàu thuyền khác vào tránh trú bão khi có bão, áp thấp nhiệt đới sẽ được miễn thu phí.