Hồ Ba Bể là 1 trong 20 hồ tự nhiên nằm trên núi đá vôi đẹp nhất thế giới, là di sản thiên nhiên của các nước Đông Nam châu Á, là kho “Tài nguyên khoa học lưu giữ nguồn gen gốc”. Đa dạng sinh học và nguồn lợi thuỷ sản ở đây rất phong phú, đa dạng và độc đáo”. Trước năm 2000, do chưa được quan tâm và quản lý tốt nên đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy sản bị suy giảm nghiêm trọng. Sau năm 2000 đặc biệt từ năm 2003 trở lại đây, được quan tâm của nhà nước và nhiều tổ chức quốc tế, cũng sự nỗ lực quản lý của Vườn Quốc gia Ba Bể đối với cộng đồng cư dân sống quanh hồ. Vườn Quốc gia Ba Bể đã áp dụng các tiêu chi, biện pháp bảo tồn đa dạng sinh học và bảo vệ nguồn lợi của IUCN và luật bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam như: Các biện pháp bảo tồn insittu: không đưa các sinh vật lạ vào hồ, cấm đánh bắt bằng các phương tiện huỷ diệt hoặc bằng cac phương tiện đánh bắt cao cấp kỹ thuật tiên tiến chỉ được đánh bắt bằng công cụ thủ công, hạn chế số lượng người khai thác trên hồ… Đồng thời tạo điều kiện cho cộng đồng cùng tham gia quản lý như liên kết và chỉ huy các cán bộ ở xã, thôn bản cùng quản lý, mở các lớp tập huấn nâng cao ý thức trách nhiệm bảo tồn đa dạng sinh học và bảo vệ nguồn lợi của người dân bản sống xung quanh hồ.
Kết quả đến nay, đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy sản dần dần được phục phồi, gồm 139 loài thuộc 27họ 11bộ nằm trong 2 ngành: Động vật có xương sống và động vật không có xương sống thuộc các lớp: Lớp Chân bụng Gastropoda, lớp 2 mảnh vỏ Bivalvia, Lớp Giáp xác Crutacaea, Lớp cá xương. Trong đó lớp cá xương gồm 105 loài thuộc 65 giống, 18 họ và 5 bộ và 5 phân bộ, trong đó có 38 loài cá có giá trị kinh tế và có khoảng 20 loài cá quý và có 7 loài ở mức độ hiểm hoạ đe doạ đến sự tồn tại của loài (theo sách Đỏ Việt Nam năm 2007). Ngoài ra còn có nhiều loài tảo và loài cá đặc hữu khác. Hiện tại môi trường trong sạch đảm bảo cho sinh vật và cá phát triển tốt.